因为缺乏缺少技术标准与产业标准体系，生物质能源产业化程度和产业规模弱于其他可再生能源，而且市场乱象频出，一些发电项目借生物质能源的名头，一边拿着国家的电价补贴，一边偷偷烧着煤炭，影响行业健康发展。

生物质能源虽然被国家列为清洁的可再生能源，但是因为行业鱼龙混杂，一些生物质燃料并没有达到清洁能源的标准，并不环保，最终导致整个行业都受牵连。生物质能源到现在还没有标准化，好端端一个利国利民的产业就这样发展得乌烟瘴气。我国是农业大国，生物质资源极其丰富、数量巨大。如果发展得好，在农村，可以避免秸秆露天燃烧；在城镇，可以替代燃煤。既可以增加农民收入，又可以保护环境，一举多得。生物质能源和风能、太阳能都是我国大力发展的三大可再生能源。然而，十多年来，风能和太阳能都发展得有声有色，唯独生物质能源完不成‘十二五’目标已基本成定局。

相对于其他能源产业，生物质能源的行业门槛相对较低，小公司、作坊式也能生产，使用排放不达标的小锅炉、掺烧其他不合格燃料等现象时有发生。生物质能源的利用涉及多个传统产业行业，工艺路线不尽相同，设备水平也是参差不齐，整个行业相关标准规范严重缺乏，影响了行业健康发展。

掺烧煤炭是一些生物质直燃电厂业内公开的秘密，白天烧秸秆，晚上偷烧煤，目的是套取国家电价补贴。为了推进生物质成型燃料发展，2008年，财政部印发《秸秆能源化利用补助资金管理暂行办法》。这一政策实施之后，我国生物质成型燃料产量由2007年的不到100万吨增至2012年的550万吨。

生物质发电的概念很好，但扣除财税补贴、土地优惠、电价政策外，能够真正实现盈利的企业寥寥无几。生物燃气很大程度上依赖于国家的政策支持和补助。与常规能源相比，生物燃气转化、处理成本较高，并不具备投资上的效益，如果不能够实现商品化，必然会因为国家政策的转移而衰退。

成本高是生物质能源发展困难的一个重要原因：一方面，原材料分散在广大农村，收集储运费用贵，人力成本上涨，导致成本居高不下；另一方面，如果用来发电，与火电比，即便有补助，也只能挣扎在盈亏平衡线上。

发电厂需要很大规模才能降低单位成本，才有价格竞争力，但是生物质能源是分布式能源，集中的成本巨大，有可能陷入越生产越亏损的局面。因为两头挤压，不少生物质能源企业放弃了这一方向。“十二五”期间，我国大力鼓励清洁能源的使用，风能、太阳能新增装机均有不同程度的增长，但生物质发电新增装机容量却不断走低。在市场方面，生物质资源的季节性、分散性与生物质能利用的连续性、集中性的矛盾突出。在煤炭价格优势明显的挤压之下，市场接受度低。

虽然国内各项政策为生物质能产业的发展给予了一定的财政补贴，但这并无法有效提高生物质能产业的盈利能力，改善其生存状态。生物质能产业的长远、健康发展，仍需要从内部入手，依靠科技进步和市场化发展，解决关键问题。

我国生物质原料数量虽然巨大，但来源较为分散，与西方农场化耕作模式有较大差别，我国需要建立一套科学合理的收集体系。生物质燃料的原料主要是农林业废弃物，存在着季节性强，收集运输困难的问题。农业生产分布在面积广阔的农田上，农作物收割后秸秆广泛的分布在农村地区，且秸秆体积大，不便于运输；树枝等林业废弃物绝大部分分布在山区，交通不便，收集工作量大。因此，建立科学稳定收、储、运体系是保证生物质直燃电厂稳步发展、安全供应的物质基础。